在某些情况下，相的晶体结构非常相似类似，单独使用EBSD不能将其区分。在材料科学和地质应用中都遇到过这种情况，下面的例子是区分糜棱岩化变泥质岩样品中的黑云母和白云母。
样品的这个区域包含3种矿物相：钠长石、黑云母和白云母。黑云母和白云母具有非常相似的晶体结构，因此基于传统EBSD很难区分。
(a) 样品分析区域的前散射图像(FSD);
(b) EDS元素分布图。在钠长石中钠的浓度更高，在白云母中Al的浓度更高，黑云母中Fe的浓度更高;
(c) 使用传统的EBSD方法获得的相分布图(左)。由于白云母和黑云母具有相似的晶体结构，很难被区分，导致他们以随机点出现。在Aztec系统中用TruPhase功能获得的相分布图(右)，同时采集EDS数据，以帮助EBSD解析花样。这种方法成功区分了样品中的白云母和黑云母。
在这些情况下，用EDS和EBSD信号区分相可在面分布扫描的同时进行，结合这两种信号可以成功区分样品中的物相。
然而，这需要同时采集EDS和EBSD数据，而且需保证两者采集的数据是同步的。
即使在没有需区分相的问题情况下，同时采集EDS和EBSD数据也是有优势的。通过化学和结构信息可以很容易验证数据，确保没有遗漏或误标相。Aztec系统还可以离线鉴别样品中的相，利用分析设置参数，重新分析数据集。
